阜宁县检察机构始建于1912年10月，时称“地方检察厅”，1914年裁撤；1951年9月成立阜宁县人民检察署，1954年12月7日改称阜宁县人民检察院，1967年“文化大革命”期间被军管，取消检察职能。1978年8月阜宁县人民检察院重建至今。 

　　近年来，阜宁县检察院先后被评为省文明单位，驻所检察室被最高检评为“一级规范化检察室”，司法警察大队被省检察院评为“编队管理示范单位”，办案中心通过全省检察机关“示范办案中心”复评确认，被盐城市委政法委评为全市执法规范化建设先进单位，被县委评为综合先进单位等荣誉。